Главный инфекционист Архангельской области, доцент кафедры инфекционных болезней СГМУ. С 1995 по 2009 год Владимир Агафонов заведовал кафедрой. Научные исследования специалиста посвящены проблеме вирусных гепатитов на Европейском Севере, изучению иммунитета при инфекционной патологии.